Farewell
Publié : février 6, 2012 Filed under: minipost | Tags: adios, arrivederci, au revoir, c'est la fin, ciao, goodbye, sayonara, tschüss Laisser un commentaire »Ce blog, dont l’objectif était de m’encourager à me lancer dans l’écriture d’articles sur la biologie, est maintenant officiellement fermé. Mais c’est ne pas fini ! Vous pourrez continuer à lire des nouveaux articles sur :
http://www.lapaillasse.org
et mes recherches graphiques (et bien d’autres choses) sur :
http://www.papirofilia.wordpress.com
Merci pour votre visite !
Ariel Martín Pérez
Dans le lab
Publié : décembre 15, 2011 Filed under: photo | Tags: diybio, hackerspace, lab, laboratoire, photo Laisser un commentaire »Quelques images de l’installation du laboratoire de La Paillasse.
Entretien : Neurohack (tmpbci)
Publié : novembre 23, 2011 Filed under: entretien | Tags: application, art, biofeedback, brain, brain wave, brmlab, cerveau, diy, diy devices, eeg, graphics, hackerspaces, infrarouge, installation, la pailasse, macval, mental space, mind, neurohack, neuroscience, openeeg, science, signal, tech, tmpbci, tmplab 1 Commentaire »Entretien avec Sam, du collectif Neurohack, autour des nouvelles applications des outils de lecture d’ondes cérébrales.
En quoi consiste le neurohacking ?
Neurohack est aussi appelé tmpbci, tmp comme le /tmp/lab (hackerspace hébergeur originel) et BCI comme Brain Computer Interface, mais il ne s’agit pas seulement de créer des interfaces cerveau-ordinateur, on veut aussi en proposer une utilisation simple et créative.
Quand et comment est-ce que vous l’avez découvert ?
On a commencé avec un casque commercial avec une seule électrode sèche, dont on a aussitôt jeté les logiciels stupido-marketing pour écrire les nôtres. C’était il y a un an. Depuis plusieurs applications ont été développées, principalement graphiques et musicales et restituées lors d’ateliers au sein de l’association La Paillasse ou sous forme d’installation à la demande du musée d’art contemporain de Vitry-sur-Seine.
Plusieurs voies sont suivies en même temps, mutant au fur et à mesure le projet vers un “moteur” supportant le maximum d’entrées/sorties possibles. Ainsi le coté hardware accepte en entrées différents casques commerciaux et des devices DIY, le coté software propose sur 7 plateformes différentes, un spectre très large d’utilisations : réseau local, Internet, son, commande de projecteurs DMX, vidéos, OSC…
Ainsi on peut donc réaliser toutes les applications qui peuvent passer par la tête comme prendre un Mindset et générer des vidéos ou prendre un système openEEG et faire du son. Les portes de l’imagination sont grandes ouvertes, OSC par exemple permet d’accéder à Logic, LIVE, MaxMSP, MIDI, PureData, Processing, Quartz Composer, Reaktor, SuperCollider, vvvv, iphone, iPAD, Android…
Quels sont vos projets en cours ?
Après une première série d’applications dans l’écran de l’ordinateur nous entrons dans la deuxième itération, cette fois dans le monde réel, avec plus d’électronique et de musique tout en continuant l’intégration de systèmes hardware et software existants comme openVIBE de l’INRIA. Pour donner des exemples, nous réfléchissons à l’utilisation d’émotions ou d’objets 3D, à de possibles interactions avec des figurines ou des robots très simples, à la composition de musique ou encore à la réalisation d’un système mesurant l’activité cérébrale via la consommation d’oxygène en remplacement/en plus des ondes cérébrales.

Consommation d'oxygène en ouvrant et fermant la main droite (IRM). Image CC BY NC ND tmpbci/Neurohack.
En quoi consiste la mesure de la consommation d’oxygène ?
Depuis plusieurs années il a été montré que la lumière de LED infrarouge “rebondit” sur le cortex différemment selon le rapport un des composant du sang : l’hémoglobine avec ou sans oxygène. Le corps étant assez transparent à ces longueurs d’ondes, un émetteur et un capteur et le tour est joué. C’est une des voies majeures actuellement en neurosciences utilisant cette “nouvelle” caractéristique physiologique du cerveau (la consommation locale d’oxygène). Les études pleuvent de partout, même de la NASA, puisqu’il s’agit du même phénomène étudié en IRM fonctionnelle avec un ticket d’entrée en millions d’euros…
Parmi les possibles usages créatifs de cette technologie, lequel préférez-vous ?
Le contrôle de bidules (“bidule” allant de la voiture télécommandée au véritable véhicule) est un sujet classique du monde académique. Il existe des logiciels libres permettant de le faire. Neurohack utilise un certain contrôle comme moyen et non comme une fin, mettant effectivement l’accent sur la création.
Classiquement dans la recherche, trouver quelque chose ouvre immédiatement de nouveaux questionnements. La dernière réalisation comprends souvent toute l’expérience acquise et répondre à la demande d’un musée pour proposer une visualisation de “l’espace mental” était inimaginable au tout début.
Toutefois, les réalisations en cours sont toutes très excitantes et répondent parfois à des rêves impossibles comme composer et jouer des morceaux sans rien savoir à la musique. C’est pas nouveau, Mozart et d’autres y ont déjà pensé, mais on a évidement bien plus de possibilités à disposition aujourd’hui. Dans le plus farfelu, avec un peu de robotique on fera certainement un jour une version plus arty du chapeau magique d’Harry Potter.
Quelles sont les perspectives futures d’utilisation du neurohacking au sein des Hackerspaces (des endroits de recherche opérés par des communautés citoyennes)?
Il y a peu de hackerspaces qui s’impliquent activement sur le cerveau. Tous les projets sont très différents, ainsi le brmlab de Prague est actif pour tester les technologies existantes – plus ou moins rigoureuses – “modifiant” soit disant l’organe cerveau. Neurohack se veut plus une interface cerveau / machine augmentant extérieurement et accessoirement nos “capacités”.
Les hackerspaces sont des endroits où on peut trouver de multiples talents, allant de la mécanique à une floppée de domaines informatiques en passant par l’électronique. A plus long terme Neurohack aimerait lancer un sister project pour répondre à de réels besoins d’interface : il nous semble par exemple scandaleux qu’un afficheur braille USB coute entre 2000 et 4000 euros. On travaille déjà sur quelques pistes.
Vous envisagez des collaborations ?
Nous sommes libres de carcans, l’absence d’obligation de publication ou de productivité par exemple nous rend ouverts à toutes les propositions, honnêtes scientifiquement. On utilise pas de matériel de grade médical hors de prix – même si on serait ravi d’en avoir – donc les possibilités sont différentes, mais pas inintéressantes.
Quelques collaborations passées et futures : la partie commande de projecteurs lumineux est basée sur un programme fait au Hackspace de Londres. L’espace musical crée en correspondance avec l’espace mental utilise une réalisation open source d’un étudiant de l’université du Michigan. Ils ont été parmi les premiers d’une longue liste de collaboration variée et stimulante avec artistes, compositeurs, designers, entreprises… Un laboratoire académique nous à également contacté pour participer ensemble à un événement en 2012 en direction du public sur fonds européens.
Pensez-vous que les interfaces machines-cerveau feront partie de la vie quotidienne dans un futur plus ou moins proche ?
En pratique une interface à la Minority Report n’est pas tenable longtemps, la souris n’est pas morte. Plus que la sexytude, bien d’autres caractéristiques sont à prendre en compte et remplacer a tout prix une souris à quelques euros ou quelques doigts sur du verre n’est pas toujours le plus pertinent. En dehors des créations artistiques très à la mode en ce moment, c’est le biofeedback ré-éducatif qui me semble le plus proche dans une perspective non “mystique”.
Les implants sont déjà une réalité pour certaines pathologies comme Parkinson. Le signal EEG extra crânien est bien faible et pollué par les mouvements ou l’entourage électromagnétique imposant un filtrage complexe du signal. Malgré les discours marketing, la fiabilité, la portabilité sont encore des axes de recherches pour une utilisation grand public.
Merci beaucoup, et à bientôt.
Pour en savoir plus :
Le compte twitter de tmpbci, pour être au courant de leurs activités.
Le /tmp/lab, hackerspace qui a donné lieu au projet Neurohack, tient des réunions hebdomadaires ouvertes tous les jeudis à 19h à la Gaîté Lyrique (Paris).
Lapaillasse.org
Publié : novembre 10, 2011 Filed under: minipost Laisser un commentaire »Ce soir à la Gaîté Lyrique nous aurons l’opportunité de découvrir le nouveau site de l’association DIYbio La Paillasse, créé par le studio Lemonsquash. Rendez-vous à la salle de réunions du centre de ressources à partir de 19h.
Genome: the future is now
Publié : novembre 4, 2011 Filed under: minipost | Tags: génétique, genetics, genome, jason bobe, personal genome project, video Laisser un commentaire »Comme petit complément à la conférence d’hier de Jason Bobe, voici l’une des vidéos qui y fut projetée :
[Genome est un web-documentaire par épisodes sur le Personal Genome Project].
Expérience à faire chez soi : extraction d’ADN humain
Publié : novembre 3, 2011 Filed under: article | Tags: ADN, diy, expérience, experiment, extraction d'ADN, génétique, genetics, home-made, maison, science Laisser un commentaire »Matériel nécessaire :
- Coupe de champagne en plastique.
- Liquide pour lentilles.
- Savon vaisselle.
- Sel marin.
- Alcool ménager (préférablement très froid, ténu dans le frigo).
- Crachat.
Procédé :
1 – Cracher abondamment dans la coupe à champagne, sans expulser de mucosités. Le crachat contienne naturellement des cellules de l’épithélium buccal (le tissu qui recouvre la cavité de la bouche), dont on va extraire l’ADN.
2 – Ajouter une goute ou deux de liquide vaisselle. Celui-ci va provoquer la lyse ou destruction des membranes des cellules d’épithélium, permettant de libérer les contenus cellulaires dans la solution, incluant l’ADN. Les membranes cellulaires sont constituées de lipides (graisses), et pour cette raison un savon qui sert à laver la vaisselle peut aussi détruire les membranes des cellules.
3 – Ajouter du liquide pour lentilles. Il contient des peptidases, des protéines qui sont capables de fragmenter d’autres protéines. Son utilité dans notre réaction va être de réduire la quantité de protéines qui vont précipiter avec l’ADN.
4 – Ajouter une petite quantité de sel (environ 2g). Sa fonction sera de stabiliser les charges électriques de la solution pour protéger les molécules d’ADN.
5 – Mélanger la solution pendant une minute en agitant le verre avec un mouvement de rotation.
6 – Ajouter l’alcool ménager très lentement, de manière a former une couche sur la solution sans qu’elles ne se mélangent pas trop. L’ADN n’est pas très soluble dans l’alcool, et pour cette raison il va précipiter sur un point plus élevé que le reste des composants de la réaction. Atteindre quelques minutes pour que l’ADN se révèle.
Conclusion
Grâce à cette expérience, on peut facilement faire précipiter des fibres d’ADN cellulaire, où l’information génétique des êtres vivants est codifiée. On pourrait même les récupérer et les utiliser pour une autre expérience, en les purifiant d’abord.
Les photographies appartiennent à un atelier pratique réalisé par Loïc Lauréote à la Gaïté Lyrique, à qui je remercie. Et les informations sur la méthode d’extraction ont été extraites principalement de cette expérience Instructables.
Urban Ethology
Publié : octobre 26, 2011 Filed under: photo | Tags: corbeaux, diy ethology, ethology, paris, photo, photographie, photography, pigeons, science Laisser un commentaire »Des pigeons se chauffant sur un conduit de ventilation du métro à la Place de la République, Paris.
Des corbeaux mangeant des ordures au Canal Saint Martin, Paris.
Conférence : Do-It-Yourself Biology
Publié : octobre 24, 2011 Filed under: event | Tags: conférence, diybio, event, gaîté lyrique, jason bobe, personal genome project, talk Laisser un commentaire »Le 3 novembre prochain à 19h, Jason Bobe, co-fondateur du mouvement DIYbio, viendra à la Gaîté Lyrique pour nous présenter l’initiative Personal Genome. La conférence sera organisée par l’association La Paillasse et l’entrée sera libre. À bientôt !
Cradle to Cradle, du Berceau au Berceau
Publié : octobre 21, 2011 Filed under: article | Tags: article, écologie, certification, cradle to cradle, ecology, industrial, industrie, material Laisser un commentaire »
Il y a quelques semaines, Christine Guinebretière, l’une des principales responsables de la certification de produits Cradle to Cradle® (C2C ou du Berceau au Berceau) en France est allée à la Gaîté Lyrique. Voici quelques pistes pour comprendre cette démarche :
- Le Cradle to Cradle® est une philosophie selon laquelle tous les composants des produits industriels sont réutilisables à l’infini sans perte de qualité (c’est à dire qu’ils sont upcyclables) ou bien totalement compostables et retournables à la terre sans danger.
-En somme, ce qui distingue le C2C du recyclage c’est que la notion de déchets disparait, il n’y a qu’un flux de ressources (en principe, les déchets son vus comme des matières premières) en éco-concevant des produits pensés ainsi dès le départ.

- Le C2C n’a pas de rapport directe avec d’autres labels comme le Bio. Même si c’est une avancée immense en démarche qualité, ce n’est pas suffisant pour recevoir un label Cradle to Cradle®. Exemple : lorsque l’on parle de textile en coton bio, qu’en est-il des additifs tels que les colorants, fils de couture, étiquette… ajoutés ? Cependant, des produits technologiques peuvent recevoir le label C2C si leurs matériaux polluants sont dans une boucle fermée qui permet de les récupérer de manière adéquate.
- Il est aussi une réponse à la sur-qualité : les composants des produits que nous consommons sont très souvent encore dans un bon état même après leur vie utile (comme par exemple la coque d’un ordinateur qui ne marche plus), et pourraient donc être utilisés à nouveau avec peu de modifications ou pensés pour être d’une qualité suffisante pour leur période d’utilisation.
- C’est une démarche positive où chaque produit est pensé pour avoir la plus grande emprunte écologique positive possible et dont les avantages sont aussi très nombreux pour l’économie et la fidélisation des clients en créant une relation de partenariat. C’est une économie où un service est rendu en “empruntant” des matières premières à la planète pour fabriquer les biens nécessaires. Ce caractère positif est d’ailleurs possiblement l’un des principaux facteurs qui rendent difficile son implantation en France (les Français étant vus comme pessimistes).

J’aimerais remercier Christine Guinebretière pour les précisions apportées à ce texte. Elle retournera à la Gaîté Lyrique le 12 janvier 2012 pour parler du Cradle to Cradle®.
En savoir plus :
Une interview avec Christine Guinebretière, sur Cleantech Republic.
Un article antérieur sur l’écologie industrielle, sur Papirofilia.
Illustration du modèle Cradle to Cradle, sur Deformat.
Entretien : Free Fermentology Foundation (FFF)
Publié : octobre 6, 2011 Filed under: entretien | Tags: fermentation, fermentologie, fermentology, foundation, kefir, kombucha, makgeolli, microbiologie, microbiology Laisser un commentaire »La semaine dernière, lors d’une soirée autour des boissons coréennes, j’ai pu contacter Emmanuel Rébus. Il est le créateur de la Free Fermentology Foundation (FFF), dédiée aux recherches sur la fermentation. Retour sur ce réseau en quelques questions :
En quoi consiste la Free Fermentology Foundation ? Quand est-ce qu’elle a été créée et quels sont ses membres plus ou moins permanents ?
FFF a été crée sous cette forme il y a trois ans, après une expérience plus solitaire vielle de dix au moins sur les réseaux d’échanges de ferments divers et variés (kéfir, kombucha, etc.) J’ai voulu créer un réseau décentralisé. Le résultat est mitigé, car le travail biologique réel ne peut se faire via internet… Il faut mettre les mains dans le cambouis… Par ailleurs, beaucoup de gens ne sont intéressés que par 1 ou 2 souches, pour un usage très particulier, souvent alimentaire ou médical. Rares sont les gens qui comme moi s’intéressent au phénomènes de fermentation en général.
FFF à quelques correspondants hors de Paris (et dans plusieurs pays étrangers) et quelques participant réguliers sur Paris (5 ou 6). La Générale (lieux culturel et social 14 avenue Parmentier), héberge nos réunions, mais les cultures sont faites chez nous.
Par extension FFF s’intéresse à l’agriculture, aux produit naturels, à la cuisine et à la chimie gastronomique.
Quels sont vos projets en cours ?
Notre principal projet, qui ne sera jamais complété, est de faire un inventaire, ou plus modestement de parcourir les traditions fermentologiques des cultures du monde, de voir comment les adapter à nos conditions et produits locaux, de les faire évoluer. En effet, on sous-estime souvent la complexité biologique de ces traditions, qui sont souvent d’admirables réussites “biotechnologiques” absolument non triviales. Un tel projet est nécessairement distribué en réseau, un peu comme les passionnés de biodiversité, qui conservent, cultivent et sélectionnent des semences de plantes rares.
Au regard de cela, la “synthetic biology” de garage me semble un petit peu naïve, bien qu’il soit intellectuellement passionnant de chercher à reproduire avec peu de moyens ce qui se fait dans les grands laboratoires (un peu comme les astronomes amateurs qui copient à petite échelle les instruments des labos professionnels). Le grand enseignement de l’histoire récente de la biologie est que le “dogme de la biologique moléculaire” (“tout est écrit dans le grand livre de l’ADN”) n’est qu’une approximation grossière de ce qui se passe dans les cellules.
La réalité est bien plus complexe, faite d’interactions croisées entre gènes, environnement, qui rendent un approche “bottom-up”, du gêne vers le macroscopique, peu effective en termes de résultats (par exemple rares sont les plantes génétiquement modifiées qui fonctionnent vraiment). La nature au contraire ne procède pas comme cela pour produire les merveilles de complexité que sont les êtres vivants (penser à la photosynthèse, que nous sommes incapables de reproduire, où à l’incroyable efficacité d’un muscle, comparée à nos engins robotisés).
Il n’y a pas de plan réductionniste des êtres vivants, contenu ou non dans l’ADN. Ceux-ci sont le résultats de l’évolution, de la sélection naturelle, c’est-à-dire les résultats de phénomènes statistiques sur de grandes populations. La patiente sélection faite par les agriculteurs au fils des millénaires, (par exemple sur les plans de maïs) est en ce sens une remarquable expérience de biologie, aux conséquences pour l ‘espèce humaine bien plus importantes que la mise sur le marché d’un maïs OGM. Le domaine des fermentations n’est pas en reste. Son importance est souvent ignorée. Qui sait qu’un saucisson est le résultat d’une fermentation lactique des viandes crues, qui non seulement en permet la conservation mais participe à la création des arômes?
Sur certains de ces aspects “évolutionnistes” de la biologie (par opposition au coté “réductionniste génétique” actuellement prévalent), les amateurs peuvent réellement apporter une contribution originale, et compenser leur manque de moyens par la mise en réseau des compétences.
Quels sont vos microorganismes préférés ? Lesquels vous aimeriez obtenir et pourquoi ?
Personnellement je suis fasciné non pas par un microorganisme particulier, mais par la notion de symbiose. Par exemple notre corps ne saurait survivre sans participer à une symbiose avec de nombreuses bactéries, telles que la flore intestinale, sans laquelle nous ne pourrions digérer les aliments.
Plus simplement, le kéfir ou le kombucha sont des systèmes dynamiques complexes faisant intervenir des dizaines d’espèces en interaction. La stabilité d’un tel système est une merveille de la nature.
Êtes-vous en contact avec d’autres personnes ou groupes intéressées en la fermentation en France ou ailleurs dans le monde ?
Oui nous avons de plusieurs correspondants habituels sur tous les continents.
Avez-vous des objectifs concrets pour l’avenir de l’association ?
Pour l’instant FFF souffre d’un manque de visibilité / présence sur le net, faute de temps et de compétences en informatique.
Un objectif concret est de lancer de véritables expériences “en cluster”.

















